Keine Ahnung was für ein Game du machst, kann mit aber vorstellen, dass - je nach Game - der Windows-Standardmoushandler zu ungenau/grob/langsam ist. Wenn du ein Strategiespiel oder vom Speed ähnliches Game bastelst ist es wohl egal, bei einem Ego-Shooter oder Autorennen könnte es besser sein DirectInput zu verwenden, auch wenn es mehr Aufwand bedeutet.
Links:
http://www.gamedev.net/reference/list.asp?categoryid=24#152
http://msdn2.microsoft.com/en-us/library/bb206292.aspx
http://msdn2.microsoft.com/en-us/library/bb174606.aspx