Da ja schon Basics vorhanden sind, ist es am einfachsten sich einfach mal mit beiden Dingen zu beschäftigen.
Wenn man ein Fenster mit einem Button und einem darauffolgendem "Hallo Welt" Fenster erstellt, dann wird man die Unterschiede, sowie Vor- und Nachteile recht schnell feststellen
Die WinApi wird auch kein Ausläufer sein. Klar wird der Schwerpunkt auf .NET gelegt, aber mit der WinApi hat man mehr Freiheiten in der Gestaltung und Programmierung von Anwendungen. Wobei die "Freiheit" mit einem enormen Aufwand verbunden ist (Das merkt man schon, wenn man nur ein Fenster erstellen möchte

)
Alternativen wären QT oder GTK.
Für Spieleprogrammierung bietet sich als .NET Pendant XNA, DirectX an, wo dann aber das arbeiten mit der Win32 Api zu den Basics gehört.
Das auf .NET ausschließlich auf Win funktioniert, hat sich mit
monoauch geändert.
Das Buch von Charles Petzold ist echt klasse, nur funktionieren die ganzen Beispiele alle leider nicht mehr so, dass es mit recht viel Aufwand verbunden ist, sich durchzuarbeiten. Der Inhalt ist immernoch aktuell und grade das Hintergrundwissen ist genial da so in die Tiefe gegangen wird, dass man spätere Dinge einfach selbstverständlich versteht und nicht einfach so hinnimmt (weil darum....), aber es haben sich einige Kleinigeiten in der API getan, die dann leider an manchen Punkten ausschlaggebend sind und man manchmal verzweifelt.
Ich kann dir den Tipp geben, das du das Buch teoretisch durcharbeitest und für praktische Beispiele ein anderes Buch holst.