bei Input Feldern auf jeden Fall Filter verwenden php5 kann das so aber bei Version 4 musst du eigene Filter erstellen
die .htaccess vernünftig konfigurieren z.B. PHP Code als HTML tarnen und Aufruf bestimmter Dateien verbieten
nicht Subdomains oder Links für Internbereiche nehmen die intern, admin oder so heißen
error reporting auf 0 setzen
manchmal lieber Post als Get verwenden je nach dem was du vor hast

an sonsten alles abfragen was irgendwie sein könnte also lese dir dein Code gut durch und guck das nichts passieren kann was dein Script nicht erwartet

Sicherheit im Internet bzw. bei einem Projekt hört nicht beim filtern der Usereingaben auf. Ein solides Loginhandling mit Block-Funktion, Salts bei den Passwörtern (und Verzicht auf MD5 oder SHA1, siehe openwall.com/phpass/ als Beispiel), absichern des Servers (fail2bann, iptables, Mailrelay). Dann nach Möglichkeit den Footprint des (eventuell benutzten) Frameworks/CMS verstecken (keine Meta-Tags etc anzeigen lassen). Regelmäßige Log-Kontrolle. Sicherheitsupdates bei der genutzten Software.

Mehr fällt mit jetzt nicht ein.

Wenn du einen Passwort gesicherten Bereich hast, solltest du das hier mal durchlesen:
Suche Tutorial für sehr sicheren Login-Script! (mySQL, sessions)

Ansonsten solltest du prüfen, ob SQL-/HTML-/JavaScript-Injection bei dir möglich ist. Wenn ja, ist das schlecht.

Was mir eben noch einfällt: SSL nutzen.

Um welches Thema handelt die Seite denn also ich meine damit deine private Homepage wird wohl kaum jemand hacken wollen da brauchst du nicht so viel Aufwand betreiben , anders ist es natürlich wenn es um Kundendaten/Geschäfte oder Sonstiges geht.

In diesem Zusammenhang noch anständige Datenschutzbestimmungen und die sichere Speicherung eben dieser. Weiterhin auf abmahnwürdige Inhalte achten.

Und eventuell noch einen Werbeblocker wie Adblock für Firefox nutzen, wenn man User/Leser der Seite vor Werbung und Spyware schützen möchte. Kommt aber, wie gesagt wurde darauf an, um was für eine Seite es sich handelt und ob sich der Aufwand daher lohnt. Auch wenn Schutz niemals übertrieben ist

LG,
Mira