Warum denn unbedingt die Dateiendung .exe?
Die Java Executables sind nunmal JARs. Wenn Java auf dem System installiert ist, brauchst du die JAR nur mit Doppelklick zu starten.

Hier findest du weitere Infos (auch Programme um Setups zu erstellen, ...)
http://www.excelsior-usa.com/articles/java-to-exe.html