Da du keine Informationen zum Betriebssystem oder ähnlichem angibst gehe ich mal davon aus dass es sich um normale Windows-Anwendungen handelt. Sollte das zutreffen kannst du mit FindWindow(Ex), und den EnumWindows-Funktionen die Fenster finden, fokussieren und bearbeiten, jedoch ist das unterfangen mit C/C++ recht mühselig. Es gibt, extra für Automatierungen fremder Software ein Tool mit eingebauter Scriptsprache, das AutoIt heißt und sich hervorragend dafür einsetzen lässen

Da du zeitgleich einen Java Thread erstellt hast, hier die Infos für diejenigen die eine Java Lösung suchen: Wie steuer ich ein Programm fern?

Den Thread kannte ich gar nicht. Der Vollständigkeithalber: Es ist schwer bis kaum möglich mit nativen Windowsanwendungen Java-GUIs zu bedienen. Java zeichnet die Fenster ohne Windows-Hausmittel und so kommt man eigentlich überhaupt nicht an die GUI-Elemente heran - da hilft auch kein AutoIt