Naja mit den wenigen Informationen, die du uns gibst, könnte es alles mögliche sein.

Nen Fehler in deinem Skript.
Standardpasswort.
Bug im System.
Bug im Apache.
Bug im xyz.
Bug in der PHP-Applikation.

usw. etc.

Hack? ... Xss oder CSRF.

Oder eher auf den ganzen Apache, wenn alle Indizies betroffen waren.

Wie ist das möglich?
Durch eine schlechte Konfiguration.
Einen "Amatuer" Server zu hacken bekommt meist jedes Script Kiddy hin.
Man gehe auf irgendwas-hacken.com und folge einer Schritt für Schritt Anleitung