Schau dir mal den Befehl exec() bzw. ähnliche Befehle (Auflistung findest du in der PHP Dokumentation auf php.net) an.

Deine PHP Konfiguration muss die Benutzung von diesen Befehlen jedoch erlauben

Würde System() nicht besser sein in diesem Zusammenhang?

Naja... der Unterschied liegt nur darin, dass bei exec die Systemausgabe nicht zurückgegeben wird und bei system schon. Aber effektiv - was die Ausführung des Batch Programms betrifft - gibt es keinen Unterschied.