Du kannst es durch eval() schicken, das könnte allerdings Scope-Probleme geben, wenn du Variablen/Funktionen definierst.
Der "offizielle" Weg ist die Einfügung eines <script>-Nodes ins DOM. Viele Frameworks bieten dafür auch einen bequemeren Wrapper.

Bei Prototype mit evalScripts:true und Ajax.Updater ist es möglich.
Ansonsten ist die präferierte Variante mit document.write zu empfehlen. Was anderes machen diese Scripts auch nicht.